长期以来，由于标准化工作的相对滞后，原标准不能区分配制酱油，造成市场的混乱。一些生产企业随意在产品上标注“酿造酱油”或“纯天然酿造”字样，更有一些不法商贩用酸水解植物蛋白液冒充配制酱油或酿造酱油，为此，酿造酱油标准GB18186-2000将在商品标签上注明是“配制酱油”还是“酿造酱油”列为强制执行内容。由于酿造酱油和配制酱油在生产工艺、感官性状、化学成分上具有很大的不同，因此，分清楚酿造酱油和配制酱油的主要区别非常重要。

酿造酱油发酵时间长，产量低，成本也相对较高。配制酱油则产量大、成本低，成产周期短。但毒理数据发现，配制酱油中添加的酸水解植物蛋白调味液中含有的3-氯丙醇具有致癌作用。

专家指出，酿造酱油不存在致癌问题。3-氯丙醇在配制酱油中存在是现实问题，但消费者也不必因此而紧张，市场上销售的无论是酿造酱油还是配制酱油，只要符合生产标准，消费者食用都是安全的。